O povoamento de Itajá iniciou-se em 1947, com a formação da fazenda Coqueiros, às margens do Ribeirão São João, por Sebastião Alexandre de Freitas, vindo de Campina Verde, Minas Gerais.
As primeiras construções na beira da estrada Aporé/Itarumã/Lagoa Santa, constituíram-se de um armazém e uma farmácia, do pioneiro. Esse ponto comercial, aliado à facilidade de aquisição de terras férteis, atraiu para a região numerosas famílias que ali construíram casebres de pau-a-pique, cobertos de palha, formando o arruamento e traçado do povoado que se denominou São João, em decorrência do ribeirão local.
O topônimo Itajá representa uma inversão de Jataí em homenagem à cidade-mãe da qual se emancipou.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de São João (ex-povoado), pela Lei Municipal n.º 173, de 07-08-1953, subordinado ao município de Jataí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de São João, figura no município de Jataí.
Elevado à categoria de município com a denominação de Itajá, pela Lei Estadual n.º 2.091, de 14-11-1958, desmembrado de Jataí. Sede no antigo distrito de São João (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1959.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Pela Lei Estadual n.º 10.446, de 14-01-1988, é criado o distrito de Termas de Itajá e anexado ao município de Itajá.
Em divisão territorial datada de 1-VI-1995, o município é constituído de 2 distritos: Itajá e Termas de Itajá.
Pela Lei Estadual n.º 13.134, de 21-07-1998, alterada em seus limites pela Lei Estadual n.º 13.241, de 28-12-1998, é desmembrado do município de Itajá o distrito de Termas de Itajá. Elevado à categoria de município com a denominação de Lagoa Santa.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.